3. Возм., Aeltiste?

Eltiste - скорее всего "Älteste". Насчет остального - теряюсь в догадках, очень уж лихо закручено предложение...

"старший герцог прусский"? Что касается Welsch, то это, как ни крути, это слово существовало в немецком литературном языке именно с описанным значением. Скорее речь идет о юридических претензиях, не имеющих отношения к геополитической реальности, как английские короли писались французскими и в 18 в.

2. Welschen Landen -- фряжские земли, Франция и/или Италия. Для немцев слово "welsch" означало нечто иностранное, чужое. Слово это -- общегерманское, так что когда германские англо-саксы захватили лучшую часть Британии, оттеснив кельтских аборигенов на запад и север, то со свойственной им наглостью они стали называть побежденных аборигенов "welsh"'ами, то есть чужаками. Отсюда идет название Уэльса и его обитателей, валлийцев.

2. Два варианта: либо der Älteste -- Старший, что маловероятно, ибо крайне необычно; либо, что гораздо более вероятно, это искажение слова der Erste, т.е. Альберт (Альбрехт) Первый. Кстати, согласно Вики, Альбрехт был именно Первым.

Так же как для славян «немец» означало вообще иностранец, а не только германец, так и для немцев «wels(c)h» означало не только южанин (француз, итальянец), но и вообще иноземец. Поэтому "daß Gross- und Hochmeisterthumb in Teutsch- und Welschen Landen" значит всего навсего «в родных и чужих землях». Тем более, что и «Teutsch» в исходном смысле означало не просто «немецкий», а «народный», «родной».

sich gefallen lassen -- "изволил", управляющее предыдущими инфинитивами. "В том же году изволил... перечить... и отстаивать..."

Насколько я понимаю, перфектное причастие, в сочетании с инфинитивом лишившееся префикса. В более поздних известных мне текстах Part. 2 регулярно выполняет роль личной перефектной формы.

1. Кажется, наверху Hertzog, а в конце Dennemarck (но это мелочи, конечно)

2. Наверное, это значит, что Сигизмунд дал ему во владение Пруссию, "что (welches), однако, в 1532 году соизволила оспорить Императорская судебная палата в Шпейере; против этого ? король Польши соизволил защищать такое назначение посредством своих послов" (перевожу пусть коряво, но дословно). sich gefallen lassen относится и к королю, и к палате; это перфект, который в придаточном предложении, которое мы и имеем здесь, вполне нормально может не иметь "haben", а "lassen" - это перфектное причастие (поскольку глагол перфективный, то ещё в старой форме, без ge-: ср. современные конструкции: "Ich habe ihn kommen lassen")

Насчёт "höchtsgemelder" я затрудняюсь; можно предположить, что это причастие к глаголу "mählen"; но в словаре Гриммов даётся только матримональные значение "versprechen, verloben, auf das heiratsversprechen bezogen"; зато M. Lexer, Mittelhochdeutsches Taschenwörterbuch (да, средневерхненемецкий - это в лучшем случае на 200 лет раньше, увы) даёт значение "vor Gericht laden, gerichtlich befragen, anklagen": может быть, höchstgemelder - это "призванный к ответу высочайшим судом"?
(как второй вариант можно предположить, что это что-то вроде "достославный; тот, о котором хорошо говорят", но просто значения "говорить" дальше древневерхненемецкого у этого глагола не свидетельствуется ни одним словарём, да и в древневерхненемецком оно сомнительно, хотя, скажем, в других германских языках - в древнеисландском, в древнесаксонском - вполне нормально)

3. Eltiste - нормальная орфография того времени для "Älteste". Ä в этой форме - это уже продукт позднейшего проведения этимологического принципа.